Kegiatan ekstrakurikuler merupakan salah satu alat pengenalan siswa pada hubungan sosial. Di dalamnya terdapat pendidikan pengenalan diri dan pengembangan kemampuan selain pemahaman materi pelajaran.

Berangkat dari pemikiran tersebut, di SMP Negeri 2 Penajam Paser Utara diselenggarakan berbagai kegiatan ekstrakurikuler.

Selain OSIS sebagai induk kegiatan ektrakurikuler di sekolah, kegiatan ektrakurikuler lainnya adalah:

• Pramuka
• Palang Merah Remaja (PMR)
• Pecinta Alam (PA)
• Olahraga (Bola Voli, Bola Basket, Karate, Tenis Meja, Tenis Lapangan)
• Seni Tari Modern dan Daerah
• Paduan Suara
• Grup Band